Rodzina Był dwukrotnie żonaty. Pierwsze małżeństwo z Lidią Kalinnikowną Konowalenko (od 1888) zakończyło się rozwodem. Z tego związku pochodziła córka Natalia (1890–1958), w późniejszym okresie mniszka klasztoru żeńskiego we wsi Nieżadowo w rejonie plusskim. Po zamknięciu klasztoru początkowo mieszkała w obwodzie leningradzkim, następnie została wysiedlona i zamieszkała w Muromie. Z drugiego małżeństwa z Marią (Martą) Michajłowną Kazakiewicz miał córkę Olgę (1892–1968). Jej mężem był Wasilij Władimirowicz Popow (1885-1938), pułkownik i wykładowca w Wojskowej Akademii Mechanizacji i Motoryzacji Armii Czerwonej. Represjonowany w trakcie czystek w Armii Czerwonej, rozstrzelany w Kommunarce, pośmiertnie zrehabilitowany w 1957 r. Olga Andriejewna została aresztowana w 1937 r. i zwolniona w 1939 r. Miała córkę Irinę Wasilijewną (ur. 1917).
Działalność naukowa W zakresie sztuki wojennej poglądy Zajączkowskiego były zgodne ze szkołą . Wniósł znaczący wkład w badanie problemów strategicznych, planowanie i strategię dowodzenia, popularyzację naukowych dzieł rosyjskiej i zachodnioeuropejskiej klasyki wojskowości. Prace Zajączkowskiego miały cel praktyczny – wykorzystania doświadczeń I wojny światowej w budowie Armii Czerwonej. Jako wykładowca bywał oskarżany o rutyniarstwo i konserwatyzm w sprawach wojskowych (kom.