Okręt miał cztery dziobowe pneumatyczne wyrzutnie torpedowe kalibru 533 mm. Po wystrzeleniu torpedy specjalny system wypuszczał powietrze do wnętrza przedziału, dzięki czemu podczas wystrzału nie pojawiały się pęcherzyki powietrza. Standardowo do użytku na jednostkach przeznaczone były torpedy Mk VIII kalibru 533 mm, jednak wkładki redukcyjne umożliwiały wystrzelenie również torped kalibru 457 mm. Po włączeniu jednostki do radzieckiej marynarki wojennej używane mogły być również radzieckie torpedy 53-27 kalibru 533 mm. Okręt przewoził jednorazowo zapas 8 lub 10 torped – cztery załadowane w wyrzutnie, cztery ustawione na stelażach i być może dwie na pokładzie przedziału torpedowego.
Uzbrojenie artyleryjskie „Lembita” stanowiła 40 mm armata przeciwlotnicza Bofors zamontowana na bliźniaczych okrętach we wrześniu 1938 roku. Działo było chowane w specjalnym szybie. Jego podnoszenie przy użyciu elektrycznego mechanizmu trwało około półtorej minuty. Lufa o długości 36 lub 43 kalibrów mogła być podnoszona aż do pionu, donośność pozioma wynosiła 8000, zaś pionowa 4000 metrów. Pocisk o masie 0,9 kg wystrzeliwany był z prędkością początkową 700 m/s. Działo mogło wystrzelić 120 pocisków w ciągu minuty. Zapas amunicji wynosił 500 lub według innych źródeł 1000 nabojów.