W 1972 przeniósł się do Petrópolisu w stanie Rio de Janeiro, gdzie kontynuował pracę akademicką i duszpasterską. Angażował się w działania antykomunistyczne, otrzymał odznaczenie Medal Rozjemcy w 1972 roku. Od 1972 do 1978 był profesorem, a od 1974 do 1978 dyrektorem CECA (Centrum Edukacji Katolickiej i Apostolskiej) w . Ponadto, od 1974 do 1978, wykładał filozofię w klasztorze São Bento w Rio de Janeiro, a także był zaangażowany w duszpasterstwo akademickie i różne kursy religijne w regionie.
Kariera biskupia W 1978 roku papież Jan Paweł II mianował Manuela Pestana Filho biskupem diecezji Anápolis w stanie Goiás. Konsekracja biskupia odbyła się 18 lutego 1979 roku w Santos (główny konsekrator abp Carmine Rocco, współkonsekratorzy biskupi i ), a oficjalne objęcie diecezji miało miejsce 11 marca 1979 roku. Słowa zwołania biskupiego: „In Te Projectus” (dosł. Oddany Tobie). W 1980 roku bp Filho opublikował książkę Igreja Doméstica. Pełnił swoją posługę przez 25 lat, do 2004 roku, kiedy to przeszedł na emeryturę, wcześniej pełniąc