Życie prywatne Był żonaty z Janiną z Chrystowskich (1901–1987), z którą miał syna Witolda Józefa (ur. 1926) i córkę Danutę Janinę (ur. 1928).. Żona z dziećmi została 13 kwietnia 1940 deportowana do Kożzawodu Kirpicznyj Zawod 1 w semipałatyńskim obwodzie Kazachskiej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej, gdzie przebywała do 1942. Później żona z córką zostały ewakuowane z ZSRR do obozu Koja w Ugandzie, a syn do Teheranu.
Ordery i odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Wojskowego Virtuti Militari nr 3648 – 1921 Krzyż Walecznych dwukrotnie Złoty Krzyż Zasługi – 19 marca 1935 „za zasługi w służbie wojskowej” Medal Niepodległości – 5 sierpnia 1937 „za pracę w dziele odzyskania niepodległości” Medal Pamiątkowy za Wojnę 1918–1921 Medal Dziesięciolecia Odzyskanej Niepodległości Medal Zwycięstwa Krzyż Świętego Jerzego I, II, III i IV klasy
Upamiętnienie W ramach akcji „Katyń... pamiętamy” / „Katyń... Ocalić od zapomnienia”, pułkownik Jan Chodźko-Zajko został uhonorowany poprzez zasadzenie Dębu Pamięci, przy Szkole Podstawowej im.