Krytyka W założeniu think tanki służą tworzeniu pomostu pomiędzy światem akademickim a publicznym, jednak w praktyce komentatorzy i badacze zauważają postępujące upolitycznienie tych instytucji. Wiele organizacji nazywających się think tankami prowadzi według nich w istocie zamaskowany lobbing polityczny, podpierając się autorytetem nauki. Jak twierdzą np. George Monbiot, felietonista The Guardian, czy ekonomista Paul Krugman, taki stan rzeczy i niska transparentność organizacji ukrywa przed społeczeństwem, że rzekomi niezależni eksperci są motywowani ideologicznie i finansowani przez grupy interesu. Monbiot stwierdza, że lewicowe think tanki są bardziej otwarte i narażają się przez to na ataki polityczne, natomiast instytucje prawicowe ukrywają często źródła wsparcia.
Badania naukowe i śledztwa dziennikarskie częściowo potwierdzają te obserwacje. Przykładowo w przeglądzie artykułów na temat badań krytycznych wobec zjawiska zmiany klimatu media amerykańskie w 2/3 przypadków nie podały, że publikacje źródłowe nie pochodzą z czasopism naukowych poddanych recenzji naukowej, ale z organizacji sponsorowanych przez przemysł energetyczny. W badaniu popularnonaukowej literatury sceptycznej wobec zmiany klimatu stwierdzono, że publikacja 92% pozycji była związana z konserwatywnymi think tankami.