Pomysłodawcą założenia związku powiatowo-gminnego organizującego autobusową komunikację publiczną był samorząd miasta i gminy Prudnik. Powstał on z uwagi na wycofanie się z Prudnika przewoźnika Arriva Bus Transport Polska w 2019. mały|lewo|Autobusy PGZT „Pogranicze” na dworcu w Głogówku (2023) 28 sierpnia 2020 uchwałę w sprawie utworzenia stowarzyszenia, wówczas pod nazwą Związek Powiatowo-Gminny „Pogranicze Głubczycko-Prudnickie”, przyjęła Rada Powiatu w Prudniku. Podobne uchwały przyjęły również rady gmin: Głogówek (31 sierpnia 2020), Branice (21 września 2020), Kietrz (24 września 2020), Lubrza (29 września 2020), Prudnik (30 września 2020), Głubczyce oraz rada powiatu głubczyckiego. W marcu 2021 przyjęto uchwały (m.in. przez Radę Miejską w Prudniku) zmieniające nazwę związku na Powiatowo-Gminny Związek Transportu „Pogranicze”.
Związek uzyskał osobowość prawną 19 listopada 2021. Obsługę linii komunikacyjnych PGZT „Pogranicze” zapewniła spółka PKS Głubczyce. Podczas pierwszego zgromadzenia związku 1 grudnia 2021 w Głogówku wybrano jego zarząd.