Północną granicą Jukonu jest 200-kilometrowy odcinek wybrzeża Morza Beauforta. Do terytorium należy też jedna wyspa morska – Herschel, która objęta jest parkiem narodowym.
Wody śródlądowe thumb|upright=0.75|left|Jesień w rezerwacie przyrody Jukon jest terytorium o stosunkowo niewielkim udziale wód śródlądowych (1,7%) w ogólnej powierzchni. W Jukonie brak jest wielkich jezior. Do największych należą Kluane, Laberge, Kusawa i kilka mniejszych. Wszystkie one są rozlewiskami dopływów rzeki Jukon. Obok dorzecza tej rzeki, terytorium przecina gęsta sieć dorzeczy rzek Porcupine i Peel i Mackenzie. Duża część wód uwięziona jest w lodowcach w wyższych partiach gór.
Klimat W Jukonie panuje klimat subarktyczny. Średnia temperatura utrzymuje się powyżej +10 °C jedynie przez 4 miesiące w roku. Średnia temperatura w lipcu, najcieplejszym miesiącu roku, wynosi +14 °C. W pogodne dni lipca temperatura w słońcu może osiągnąć nawet +32 °C. Poza kołem polarnym na przemian panuje dzień polarny i noc polarna. Długie zimy, rozpoczynające się już w październiku i trwające do maja, są bardzo zimne. Temperatury utrzymują się w przedziale od –20 do –30 °C. Zważywszy jednak na silne północne wiatry temperatury odczuwalne są dużo niższe. Najniższa temperatura została zanotowana w 1947 w Snag i wynosiła –62 °C.