Po zajęciu Katalonii przez frankistów udała się na emigrację do Francji. Przez pewien czas przebywała w obozie internowania, podobnie jak jej siostry Carmelita i Teresa. Zdecydowała się jednak na nielegalny powrót do Hiszpanii, by wziąć udział w próbie odbudowy rozbitej Zjednoczonej Socjalistycznej Partii Katalonii. W czerwcu 1939 r. nielegalnie przekroczyła granicę francusko-hiszpańską i udała się do Banyoles, gdzie nawiązała kontakt z działaczami, którzy nie wyjechali z kraju i zaczęła pracę nad tworzeniem podziemnych struktur partyjnych. Jeszcze w tym samym roku wróciła do Perpignan we Francji, po czym w grudniu 1939 r. ponownie przybyła do Hiszpanii, by spotkać się z Alejandro Matosem, który kierował odbudowywanymi komórkami partii w Barcelonie. Korespondencja między Matosem a partyjnym ośrodkiem w Perpignan została jednak przechwycona. Policja frankistowska aresztowała najpierw Domènech Perich krótko po jej przybyciu do Katalonii, a następnie zatrzymała również ponad 50 innych działaczy PSUC. Maria Domènech Perich została poddana brutalnemu śledztwu, była torturowana. 21 marca 1941 r. sąd wojskowy skazał ją na 30 lat więzienia. Karę odbywała w więzieniu Les Corts w Barcelonie. Po dziesięciu latach została warunkowo zwolniona, w 1961 r. darowano jej resztę kary.