Lyon poszukiwał wzmocnienia na pozycji lewego obrońcy po odejściu Henrique. Abner został sprowadzony, by rywalizować o miejsce w składzie z Nicolásem Tagliaficą. Otrzymał numer 16 na koszulce.
Przy swoim przybyciu stał się 27. Brazylijczykiem w historii klubu. W wywiadzie dla klubowych mediów powiedział: „Lyon ma więź z Brazylią. Zawsze było tu wielu brazylijskich piłkarzy, którzy zapisali się w historii. Wiem, co Brazylijczycy znaczą dla Lyonu. To owocna więź. Chcę tu napisać swoje imię. Wiem, że jestem 27. brazylijskim piłkarzem w historii Lyonu. Chcę kontynuować, rozwijać się, pisać swoją historię i osiągać cele z klubem".
Sezon 2024/25 Ponieważ Tagliafico był kontuzjowany na początku sezonu, Abner dostał szansę gry od pierwszej kolejki Ligue 1 2024/25. W pierwszym sezonie w Lyonie doświadczył wielu emocji – dotarł do ćwierćfinału Ligi Europy, gdzie drużyna przegrała z Manchesterem United.
Sezon 2025/26 27 listopada 2025 roku strzelił gola w meczu Ligi Europy przeciwko Maccabi Tel Awiw (6:0). Kilka dni później, 30 listopada 2025 roku, trafił ponownie – tym razem w ligowym meczu przeciwko Nantes (3:0), reagując jako pierwszy na piłkę odbitą od słupka i strzelając otwierającą bramkę.