Najważniejsze projekty to: „Kościół greckokatolicki w Galicji wobec ukraińskiego ruchu narodowego w latach 1867–1914” (1999), „Stosunki religijne i narodowościowe na pograniczu polsko-ruskim (ukraińskim) od XVI wieku do 1914 roku” (2000), „Atlas historyczny Polski południowo-wschodniej (do 1939 r.)” (1999–2001), „Kataster galicyjski w zasobach archiwów polskich i ukraińskich” (1998–2000), *„Wołyń – Galicja Wschodnia 1943–1944” (2003–2004), „Poszukiwanie dokumentacji archiwalnej byłych robotników przymusowych” (2003–2005), „Polskie dziedzictwo archiwalne poza Krajem” (2000–2004), „70. rocznica wybuchu II wojny światowej w źródłach archiwalnych” (2009), *„»Dokumentalne Dziedzictwo Rzeczypospolitej«. Wirtualna rekonstrukcja Archiwum Radziwiłłów” (2009–2010), „Index Polaków represjonowanych za pomoc Żydom w czasie II wojny światowej” (2006–2014), „Straty osobowe i materialne pod okupacją niemiecką” (2006–2024), „Reconstitution of the Memory of Poland (Odtworzenie Pamięci Polski)” (1999–2024).