W tym samym roku mianowany zastępcą dowódcy Niemieckiej Eskadry Wschodnioazjatyckiej. Następnie, w 1903 roku, objął stanowisko inspektora I Inspektoratu Marynarki w Kolonii. W 1904 roku zastąpił adm. Hansa von Koestera na stanowisku dowódcy 1. Eskadry Hochseeflotte, a rok później awansowany do stopnia wiceadmirała (niem. Vizeadmiral). W latach 1906-1908 piastował funkcję dowódcy bazy Marynarki Morza Bałtyckiego w Kolonii. Następnie, w stopniu admirała, przez rok był Szefem Sztabu Admiralicji, jednak w wyniku konfliktu z Alfredem von Tirpitzem został zmuszony do ustąpienia ze stanowiska i został szefem bazy Marynarki Morza Północnego w Wilhelmshaven . W 1913 roku przeszedł w stan spoczynku. Po wybuchu I wojny światowej admiralicja planowała przywrócenie adm. von Baudissina do służby na stanowisko doradcy Marynarki Wojennej Imperium Osmańskiego, jednak z powodu złego stanu zdrowia admirała, w 1915 roku, zaniechano nominacji.
Odznaczenia Odznaczenia adm.