Pomimo wyroku Sądu Konstytucyjnego, który nakazywał przekazanie władzy, ogłosił się zwycięzcą wyborów, uzyskując rzekomo 90% głosów.
Jego rządy charakteryzowały się represjami wobec opozycji, łamaniem praworządności i tworzeniem własnych struktur siłowych, w tym lojalnej żandarmerii, która skutecznie kontrolowała wyspę.
Interwencja wojskowa
W odpowiedzi na niestosowanie się do decyzji władz centralnych, w marcu 2008 roku rząd federalny Komorów wraz z siłami Unii Afrykańskiej przeprowadził interwencję wojskową na Anjouanie. Operacja zakończyła się przejęciem kontroli nad wyspą niemal bez oporu. Bacar zbiegł z wyspy, udając się najpierw na Majottę, a następnie do francuskiego Reunionu, gdzie został zatrzymany przez władze francuskie.
Azyl polityczny i deportacja Po ucieczce z Anjouanu, Mohamed Bacar wystąpił o azyl polityczny we Francji, co wywołało kontrowersje zarówno na Komorach, jak i we Francji. Ostatecznie francuskie władze zdecydowały się na jego deportację do Beninu.
Poparcie lokalne i dziedzictwo Pomimo autorytarnego stylu rządzenia,