Zgodnie z obowiązującymi przepisami, znacząco zmienionymi przez ustawy z 28 marca 1888 i 4 grudnia 1893, Michajłowska Akademia Artylerii miała 3 klasy: młodszą, starszą i dodatkową. Pierwsze dwie miały na celu upowszechnianie wyższej wiedzy w jednostkach wojsk artyleryjskich, dodatkowa miała na celu przygotowanie oficerów do służby w technicznych instytucjach artyleryjskich. Bezpośrednie zarządzanie akademią powierzono jej komendantowi, który był jednocześnie komendantem Michajłowskiej Szkoły Artylerii. Akademia posiadała własną bibliotekę, laboratorium chemiczne, muzeum i laboratorium fizyczne.
Liczba uczniów we wszystkich trzech klasach wynosiła 60 oficerów. Do egzaminu wstępnego mogli przystąpić oficerowie wszystkich rodzajów sił zbrojnych do stopnia porucznika gwardii lub kapitana sztabowego armii włącznie, o ile wcześniej pełnili służbę w stopniu oficerskim przez co najmniej 3 lata, w tym w jednostkach bojowych przez co najmniej 2 lata; Ci, którzy ukończyli kurs w szkole artyleryjskiej lub na uniwersytecie na wydziale fizyki i matematyki z dyplomem pierwszego stopnia, musieli służyć tylko dwa lata.