Układ przestrzenny – Bramante zaprojektował dwa długie korytarze, które wydzieliły obszerny dziedziniec. Całość została pomyślana jako spektakularne założenie, mające podkreślić wspaniałość obu połączonych pałaców. System tarasów i schodów – kluczowym elementem projektu była seria sześciu wąskich tarasów połączonych schodami. Tarasy te umożliwiały przejście między tarasem ogrodowym a dziedzińcem pałacowym. Skrzydła boczne – wzdłuż tarasów biegły wąskie skrzydła. Obecnie w tych długich skrzydłach mieszczą się Muzea Watykańskie oraz Biblioteka Watykańska. Górny taras i nisza - najwyższy taras był pierwotnie zaplanowany przez Bramantego jako ogród (garden ground). Jednak z powodu niewielkich rozmiarów domu (prawdopodobnie Villa Belvedere), Bramante zmodyfikował ten pomysł. Stworzył dekoracyjną strukturę ogrodową umieszczoną wewnątrz ogromnej, półkolistej niszy. Na jej szczycie znajdowała się loggia.