W wyniku wojen śląskich (1740–1763) Polkowice wraz z całym księstwem głogowskim przeszły z monarchii Habsburgów austriackich we władanie Prus (w 1741 r.). Wraz z nową państwowością, wprowadzono na Śląsku zmiany administracyjne: Śląsk podzielono na dwa departamenty i ich władze administracyjne w postaci kamer wojenno-dominalnych, z siedzibą we Wrocławiu (dla Śląska Środkowego i Górnego) oraz w Głogowie (dla Śląska Dolnego), oraz na powiaty – departament kamery głogowskiej obejmował 16 powiatów, wrocławskiej – 32, na ich czele stali starostowie. Rada Miejska przestała mieć wpływ na miejskie wydatki, na które zgodę wydawała Królewska Izba Skarbowa w Głogowie. Urzędników miejskich mianowali urzędnicy królewscy. Wybory do Rady Miejskiej odbyły się dopiero w 1809 r., po ogłoszonych w 1808 r. reformach w organizacji samorządów miejskich (w ramach wielkich reform państwa pruskiego, po klęskach w wojnach z napoleońską Francją). Mieszkańcy wybierali Radę, która wybierała członków magistratu i burmistrza. Wybory musiały być zatwierdzone przez króla. Wojny napoleońskie doprowadziły miasto do ruiny gospodarczej. W XVIII-XIX w. przybyli tu osadnicy holenderscy, którzy budowali liczne wiatraki, rozwinęło się również płóciennictwo i garncarstwo.