Twórczość i styl Paxariño gra m.in. na saksofonie sopranowym i tenorowym, flecie prostym, fletni Pana, bansuri, ney, kaval, shakuhachi, dudach i klarnecie basowym. Jego styl muzyczny łączy jazz, flamenco, rytmy bałkańskie i muzykę suficką. Debiutancki album Espacio Interior ukazał się w 1988 roku i był prezentowany m.in. na Festiwalu Jazzowym w Madrycie. W albumach Pangea (1992) i Temurá (1994) eksplorował brzmienia kultur żydowskiej, arabskiej i chrześcijańskiej. Kolejne płyty, Perihelion (1996) i Tribus Hispanas (1998), nagrany z Eliseo Parrą i Juanem Alberto Arteche, przyniosły mu uznanie. Tribus Hispanas został wyróżniony przez miasto Madryt jako najlepszy album roku.
W 2014 roku założył, z Josete Ordoñezem (gitara) i Manu de Lucena (perkusja), Javier Paxariño Trio. Grupa czerpała inspiracje z rytmiki Gnawa i folkloru Estremadury.
Muzyka filmowa Paxariño współpracował z Alberto Iglesiasem, wykonując partie instrumentalne w filmach m.in.: Krowy (1992), Ruda wiewiórka (1993), (1998), Wierny ogrodnik (2005), Trzy metry nad niebem (2010), Exodus: Bogowie i królowie (2014), W samym sercu morza (2015).