Nad drzwiami wejściowymi na fasadzie znajdowało się pięć kamiennych herbów: papieża Pawła V, wielkiego mistrza zakonu joannitów Alofa de Wignacourta, biskupa Tomása Gargallo, biskupa Baldassare’a Cagliaresa oraz lokalnej rady zwanej l-Universita’ z siedzibą w Mdinie, ustanowionej w ramach autonomii wyspy przez wicekróla Sycylii, która pełniła funkcje administracyjne.
Świątynia na przestrzeni wieków była wielokrotnie przebudowywana. W 1636 roku wybudowano dwie dzwonnice; w jednej z nich znajdował się duży dzwon. Przypuszcza się, że autorem części przebudów w II połowie XVII wieku był Lorenzo Gafà. Liczne modyfikacje konstrukcji budynku miały też miejsce po 1709 roku; do 1740 roku po obu stronach kościoła dobudowano po trzy nowe, mniejsze kopuły.
Kolejne przebudowy miały miejsce w II połowie XVIII wieku. W latach 1755–1757 fasada budynku została rozebrana i odbudowana w zmienionej formie. Uroczysta konsekracja przebudowanej świątyni odbyła się 8 maja 1782 roku. Dokument konsekracyjny wydał kilka dni wcześniej (1 maja) biskup Vincenzo Labini.