Z powodu nieudolności Żydowskiego Komitetu Opiekuńczego w Warszawie Wielikowski przejął prowadzenie negocjacji dotyczących getta z władzami niemieckimi, w związku z czym utrzymywał kontakt, a następnie wypracował dobrą relację z Heinzem Auerswaldem. W maju 1941 roku Auerswald powierzył mu przeprowadzenie w getcie tzw. centralnej akcji dożywiania. Planował oderwanie od Żydowskiego Towarzystwa Opieki Społecznej Sektora Społecznego i komitetów domowych, co spotkało się z negatywną reakcją ze strony działaczy tych organizacji. Według wspomnień Emanuela Ringelbluma Wielikowski wykazywał się czołobitnością wobec Adama Czerniakowa, czym Ringelblum miał się brzydzić. 18 maja 1942 roku objął funkcję przewodniczącego Żydowskiego Komitetu Opiekuńczego i pełnił ją do stycznia 1943 roku, mimo wcześniejszego rozwiązania Żydowskiej Samopomocy Społecznej.
W 1941 roku, po śmierci Henryka Grasberga wszedł w skład warszawskiego Judenratu, przewodził w nim Wydziałowi Opieki Społecznej oraz Wydziałowi Akcji Doraźnych, od lipca 1942 roku, pełnił funkcję wiceprezesa. W skład Judenratu wszedł być może na skutek nacisków Heinza Auerswalda.