W 1992 nastąpiła reorganizacja jednostek terytorialnych ZHP. Dzięki niej liczba chorągwi zmniejszyła się z 49 do 25. W Chorągwi Warmińsko-Mazurskiej znalazły się wtedy hufce położone w czterech innych województwach. 28 ówczesnych hufców Chorągwi to: Augustów, Bartoszyce, Biskupiec, Braniewo, Dobre Miasto, Działdowo, Ełk, Giżycko, Gołdap, Iława, Lidzbark Warmiński, Markusy, Morąg, Mrągowo, Nidzica, Olecko, Orneta, Ostróda, Pasłęk, Pisz, Prabuty, Sejny, Susz, Suwałki, Szczytno, Węgorzewo oraz w Olsztynie „Rodło” i „Warmiński”. Dzięki tej reorganizacji oferta programowa Chorągwi została rozszerzona o tradycyjne akcje i imprezy organizowane przez nowe hufce. Akcja hufców województwa Suwalskiego „Krajobrazy Północy” została przyjęta w 1993 jako akcja programowa całej Chorągwi. Celem jej była szeroko pojęta promocja regionu północno-wschodniej Polski. W jej ramach promowano harcerskie bazy wypoczynkowe oraz sprawowano opiekę nad szlakami turystycznymi w regionie. Dużą sławą cieszyły się też Festiwale Piosenki organizowane w Suwałkach o „Złotą Muszelkę Wigier”. Niektóre z tych hufców wchodzą obecnie w skład innych sąsiednich chorągwi inne uległy reorganizacji.