Od 1936 rozpoczęto szkolenia drużynowych i zastępowych w Uniszewie i Pluskach co umożliwiło zakładanie nowych drużyn. W 1937 odbył się w Domu Polskim w Olsztynie zlot drużyn z Warmii, na którym wysoko oceniono dotychczasową działalność organizacyjną na tym terenie. W 1938 drużyny Powiśla zostały włączone do nowo powstałego Hufca Malborskiego, a Hufiec Wschodniopruski przemianowano na Warmiński. Jego komendantką została Otylia Grot.
W 1938 na skutek represji i zakazów niemieckich Harcerstwo na Warmii i Mazurach zmuszono do działalności niemal konspiracyjnej. Unikano publicznych wystąpień i przemarszów, aby nie prowokować Niemców do interwencji. Kiedy jednak władze rozpoczęły zamykanie szkół polskich, rolę krzewienia patriotyzmu przejęły właśnie drużyny harcerskie. Na zbiórkach czytano książki polskie, uczono się historii i śpiewano polskie pieśni. Mimo represji w lipcu 1939 nad jeziorem Serwent odbył się zlot harcerski.
Z chwilą wybuchu wojny większość działaczy i instruktorów została aresztowana i osadzona w obozach koncentracyjnych. Podczas wojny zginęli tacy twórcy harcerstwa Warmii i Mazur, jak Ryszard Knosała, Leon Włodarczak, Józef Grot, Tadeusz Pezała, Jan Maza.