Powrotem do polskiego filmu były Tulipany (2004) Jacka Borcucha. Pojawiły się również sukcesy teatralne – w warszawskim Teatrze Dramatycznym (2000–2003), a następnie w Teatrze Rozmaitości (2003–2008). W 2008 Malanowicz dołączył do zespołu jednej z najbardziej oryginalnych stołecznych scen – Nowego Teatru Krzysztofa Warlikowskiego.
Na ekranie odgrywane przez niego postacie to na ogół ludzie skomplikowani psychologicznie, uwikłani w różnego rodzaju trudne sytuacje życiowe, postawieni przed dylematami moralno-obyczajowymi. Jego styl gry cechował wysoki poziom ekspresji i zaangażowania emocjonalnego.
W ostatnich latach brał udział w najważniejszych przedstawieniach Nowego Teatru w Warszawie. Przygotowywał się do roli Odysa w nowym spektaklu, którego premiery nie doczekał.
Śmierć thumb|240px|Grób Zygmunta Malanowicza i Marii Malanowicz-Niedzielskiej oraz na cmentarzu ewangelicko-reformowanym przy ul. Żytniej w Warszawie Zmarł 4 kwietnia 2021 w wieku 83 lat. 15 kwietnia 2021 został pochowany na cmentarzu ewangelicko-reformowanym w Warszawie (kwatera 4-6-2)śp. Zygmunt Malanowicz.