Początki wsi w średniowieczu Wieś na pewno istniała w połowie XIV w. i wówczas 5 łanów dzierżawił niejaki Ebihardt von Maltowicz (Maltwitz). Zastawił je w 1353 r. Weiczinowi von Knoblauchsdorf, a w 1360 r. doszło do kolejnej transakcji z braćmi Czeschawami, jednak w rękach Maltwitzów wieś pozostawała dość długo. Przedstawiciele tej rodziny bardzo często przewijali się w dokumentach przy okazji określania wymiaru czynszu. Bierkowice były wsią czysto słowiańską, o czym m.in. świadczą liczne wpisy nazwisk miejscowych wolnych chłopów i ławników w księgach miejskich Kłodzka z XIV-XVI w.
W 1327 r. joannici z Kłodzka nabyli we wsi kilka łanów, a w 1393 r. Niclas Weis von Knoblauchsdorf darował komandorowi i kłodzkiemu konwiktowi 3 łany i 4 pręty gruntów w Bierkowicach. W osadzie od dawna działał młyn wodny, który został poświadczony w dokumentach już w 1416 r. Na początku XV w. wieś została przeniesiona na prawo niemieckie, wyznaczono tu wtedy łany leśne. Od 1443 r. Bierkowice należały do Haugitzów, ale mieszkali tu tylko kolejni dzierżawcy, ponieważ właściciele rezydowali w sąsiednich Piszkowicach. Dzierżawcami byli nadal von Maltwizowie. Istniało tu wolne sędziostwo. W 1483 r. w związku z dzierżawą Bierkowic wymienieni zostali Wenzel Smol i Michel Polog. W 1494 r. sędziostwo posiadał Hannus Stercz, a rok później Wenzel Smol.