W 1644 odznaczył się w bitwie pod Ochmatowem z Tatarami, gdzie szarża jego husarskiej chorągwi znacznie przyczyniła się do polskiego zwycięstwa. Po bitwie tej dostał pierwszy własny list przypowiedni i został rotmistrzem chorągwi kozackiej, porucznikując jednocześnie w dawnej chorągwi husarskiej Stanisława Lubomirskiego, której rotmistrzem w tym samym roku został jego późniejszy rywal do hetmańskiej buławy – Jerzy Lubomirski. W tym samym roku otrzymał od króla 3 wsie i wziął w zastaw miasteczko z folwarkiem (dobra Karyczyńce)W tym czasie posiadał już dobra na Ukrainie, Podolu i Rusi Czerwonej, co miało wpływ także na jego wojenną aktywność na tym terenie..
Kariera Powstanie Chmielnickiego
thumb|Stefan Czarniecki pod Monasterzyskami, obraz Henryka Pillatiego z 1857 roku thumb|Wincenty de Lesseur, Stefan Czarniecki, 1798 Popularność zapewnił mu udział w walkach z Bohdanem Chmielnickim (1648–1655). Podczas bitwy nad Żółtymi Wodami w 1648 dostał się do niewoli tatarskiej (w czasie rozstrzygającego starcia występował jako poseł strony polskiej i przebywał w obozie kozacko-tatarskim, gdzie go zatrzymano). Według niektórych informacji został wywieziony na Krym. Według innych danych niedługo po bitwie zbiegł z niewoli tatarskiej do twierdzy Kudak, po kapitulacji której stał się jeńcem kozackim.