Być może Ibn Abbas opuścił Alego po tym, jak ten dokonał masakry charydżytów pod Nahrawanem (658) (co miał jednoznacznie potępić).

Za panowania Mu’awiji żył w Hidżazie, jednak często odwiedzał dwór w Damaszku, głównie by bronić interesów Haszymitów. Wraz z Muhammadem ibn al-Hanafijją odmówił uznania kalifatu Abd Allaha Ibn az-Zubajra, za co zostali wygnani z Mekki, zaś po powrocie do niej w 683/684 uwięzieni. Uwolniły ich siły przysłane przez irackiego buntownika Al-Muchtara. Ibn Abbas zmarł w At-Ta’ifie najprawdopodobniej w 687/8, chociaż w źródłach podawane są też inne daty, oscylujące pomiędzy 684/5 a 689/90. Pozostawił po sobie co najmniej pięciu synów (w tym Alego, nazywanego „ojcem abbasydzkich kalifów”) oraz niemniej niż dwie córki.

Dziedzictwo W muzułmańskiej tradycji Ibn Abbas jest nazywany „wielkim doktorem” (hibr/habr), „oceanem [wiedzy]” (bahr) muzułmańskiej społeczności oraz „tłumaczem” (turdżuman/tardżuman) Koranu.