Tym sposobem następczynią obydwu koron Królów Katolickich została Joanna, która od roku 1496 była żoną Filipa Pięknego z dynastii Habsburgów, z którym doczekała się zdrowego potomstwa.
Między Filipem a Ferdynandem Sama Joanna była jednak niezrównoważona psychicznie, a ambicje polityczne jej męża dobrze były znane na dworze kastylijskim. Dlatego coraz bardziej schorowana matka Joanny, Izabela, chciała, by po jej śmierci w imieniu Joanny Kastylią nadal mógł rządzić jej mąż Ferdynand, a nie habsburski zięć. Ten plan początkowo nie powiódł się – po jej śmierci w 1504 szlachta kastylijska odmówiła poparcia Ferdynandowi (nie miał on szerszych praw do Kastylii, którą współrządził tylko dzięki małżeństwu z Izabelą) i oddała władzę w ręce Joanny, a de facto w ręce jej męża, Filipa. Gdy młoda para przybyła do Hiszpanii, garnęła się do niej licznie szlachta opuszczająca dwór Ferdynanda. Stary król po nieudanych pertraktacjach z zięciem wycofał się do swej dziedzicznej Aragonii. Wkrótce jednak śmierć znów zmieniła układ sił w królestwach hiszpańskich: w 1506 roku Filip Piękny niespodziewanie zmarł na tyfus, co spotęgowało impulsywność i depresję szczerze w nim zakochanej i zależnej odeń Joanny. Wykorzystał to jej ojciec, który powrócił do Kastylii, by przejąć władzę w jej imieniu.