Ponadto na zlecenie Armii Krajowej prowadził szkolenie w zakresie udzielania pierwszej pomocy. Po przejęciu Wilna przez sowietów w lipcu 1944, został zastępcą dyrektora ds. naukowych Instytutu Sanitarno-Higienicznego w Wilnie. Jak pisze prof. Jerzy Jakowicki w swoich wspomnieniach, prof. Legeżyński został po wojnie w Wilnie, gdyż liczył na to, że Polska odzyska Wilno i będzie możliwa reaktywacja USB. Ponieważ jednak tak się nie stało, zdecydował się opuścić Wilno.
Okres krakowski W końcu lipca 1946 udał się do Krakowa, gdzie objął stanowisko kierownika Zakładu Bakteriologii Uniwersytetu Jagiellońskiego. M.in. zastosował w województwie krakowskim masowe szczepienia psów przeciw wściekliźnie, czym udowodnił możliwość rozwiązania tego problemu w skali krajowej.
W 1950 został członkiem korespondentem Polskiej Akademii Umiejętności (PAU). Kierował Wydziałem Epizootiologicznym w Państwowym Instytucie Weterynaryjnym w Puławach.
W latach 1950–1951 pełnił także funkcję prodziekana Wydziału Lekarskiego Akademii Medycznej w Krakowie. W 1952 wskutek konfliktów w środowisku profesorskim, złożył rezygnację ze stanowiska kierownika Zakładu Bakteriologii.