jako posiadacze niemieckiego paszportu zostali objęci ograniczeniami, m.in. godziną policyjną. Rudolph ubiegał się o pracę tłumacza języka rosyjskiego dla FBI, wówczas spotkał Jima Rasbury’ego – kierującego biurem FBI w San Francisco, wcześniej nauczyciela wychowania fizycznego w tokijskiej szkole (był nauczycielem Rudolpha) oraz szpiega, który zdołał uciec z Japonii i znaleźć w Chinach schronienie u Pariserów. Dzięki jego interwencji zniesiono ograniczenia nałożone na Rudolpha i jego matkę, po II wojnie światowej do rodziny dołączył ojciec.

W 1944 roku ukończył studia chemiczne na Uniwersytecie Kalifornijskim w Berkeley. Przez krótki czas był związany z przedsiębiorstwem Kaiser Permanente, następnie służył w wojsku. W 1951 roku obronił doktorat na Uniwersytecie Minnesoty, do 1988 roku pracował w przedsiębiorstwie DuPont; badał w nim właściwości barwników organicznych. Wspólnie z Robertem Parrem opracował nową metodę aproksymacji orbitali molekularnych, znaną jako metodę Parisera-Parra-Pople’a.

Członek National Research Council stanowiącego część United States National Academies.