Od lutego 1942 roku szef sztabu 51 Armii Frontu Krymskiego. Po śmierci dowódcy armii, generała porucznika Władimira Lwowa, w niemieckim ataku lotniczym 11 maja 1942 roku podczas klęski wojsk Frontu Krymskiego, pełnił funkcję dowódcy armii aż do ewakuacji jej resztek z Krymu. Od maja do września 1942 roku był dowódcą 47 Armii. 7 września 1942 roku został usunięty ze stanowiska. W październiku 1942 roku generał major Kotow został mianowany pełniącym obowiązki dowódcy 44 Armii. Pod jego dowództwem wojska armii toczyły zacięte walki obronne wzdłuż linii od ujścia rzeki Terek. Dotarł do miasta Gudermes, a następnie rozpoczął kontratak i zepchnął wroga na obszar na północ od Mozdoka.
Od stycznia 1943 roku zastępca dowódcy 58 Armii Frontu Północno-Kaukaskiego, uczestnik ofensywnego etapu bitwy o Kaukaz. Od kwietnia 1943 roku zastępca dowódcy 46 Armii, która wówczas przygotowywała się do bitwy na łuku kurskim w ramach Frontu Rezerwowego, a następnie została przeniesiona na Front Południowo-Zachodni (od października 1943 roku 3 Front Ukraiński). Z tą armią brał udział w ofensywie na Donbas i w bitwie o Dniepr.