Działalność organizacyjna Pełnił dwukrotnie funkcję prorektora ds. klinicznych AMB (1954-1955, 1965-1969), a przez jedną kadencję – prorektora ds. nauki AMB (1955-1956).

Nominację rektorską otrzymał od ministra zdrowia po nagłej śmierci sprawującego urząd rektora AMB prof. Ludwika Komczyńskiego. Funkcję tę miał sprawować od 1 października 1970 do 31 sierpnia 1972. Jednak po 15. miesiącach urzędowania, 15 lutego 1972 został przez ministra odwołany.

Kulisy odwołania prof. J. Jakowicki łączy z postawą prof. Soszki podczas rekrutacji na studia w AMB. Poparł on ówczesną dziekan prof. M. Byrdy w sprawie propozycji zmiany postępowania, wywiesił listę przyjęć na tzw. miejsca rektorskie według kolejności uzyskanych lokat a nie wg nacisków zewnętrznych i natychmiast udał się na urlop. Prominentni funkcjonariusze nie mieli już możliwości wpływu na przyjęcie swoich protegowanych, którzy nie osiągnęli na egzaminach wymaganej liczby punktów.