Po odparciu niemieckiej ofensywy komandosi wracają do kwatery głównej. Zostają poinformowani, że nad projektem „Götterdämmerung” pracuje dwóch kluczowych naukowców, niemiecki uczony Steckler oraz duński fizyk dr Martin Fielder. Trzyosobowy zespół zostaje wysłany do fikcyjnego zamku Festunburg w Alpach austriackich, aby uratować Fieldera, który wbrew swojej woli musi pracować nad niemiecką bombą atomową. Komandosi wjeżdżają do zamku kolejką linową. Taggert ukradkiem wchodzi do kanałów, po czym udaje mu się uwolnić Fieldera przetrzymywanego w starych piwnicach. Następnie drużyna przedziera się przez wrogich żołnierzy i używa czołgu Panzer IV, aby siłą wydostać się z zamku.
Po tym, jak upadł plan niemieckiej broni atomowej, a upadek Berlina był tylko kwestią czasu, Steckler postanowił spowodować stopienie reaktora jądrowego, by w akcie desperacji zabić wszystkich szturmujących miasto. Aby temu zapobiec, komandosi pomagają Rosjanom w walkach o Berlin i włamują się na miejscowy uniwersytet. Po przejściu przez ufortyfikowany dziedziniec zdobywają plany technologii nuklearnej w bibliotece uniwersyteckiej, a następnie wchodzą do ośrodka nuklearnego i w ostatniej chwili powstrzymują Niemców przed zniszczeniem reaktora.