Sezon 2025/26 Jagiellonia zakończyła na 3. miejscu, notując trzeci z rzędu sezon na podium mistrzostw Polski oraz trzeci kolejny awans do europejskich pucharów. Po raz kolejny przed sezonem doszło do znaczących zmian kadrowych w drużynie, klub opuściło aż 16 zawodników. Jagiellonia zakwalifikowała się do fazy grupowej Ligi Konferencji, kończąc rozgrywki na rundzie Play-off dwumeczem z ACF Fiorentina. Zespół uległ u siebie 0:3, a w rewanżu wygrał we Florencji 4:2.https://sport.interia.pl/pilka-nozna/liga-konferencji/news-historyczny-mecz-jagiellonii-we-florencji-remontada-wisiala,nId,22606855
Jesús Imaz zdobył swoją 100. bramkę w Ekstraklasie w barwach Jagiellonii Białystok w meczu przeciwko Radomiakowi Radom, rozegranym 17 sierpnia 2025 roku. 19 kwietnia 2026 roku, w meczu z Arką Gdynia, Imaz strzelił swojego 109. i 110. gola w Ekstraklasie, zostając najskuteczniejszym zagranicznym strzelcem w historii rozgrywek.
5 września 2025 roku Oskar Pietuszewski zadebiutował w reprezentacji Polski do lat 19, mając 17 lat i 3 miesiące.