Po objęciu regencji przez księcia Wilhelma przeprowadzona została reforma sił zbrojnych, w wyniku której von Fransecky został przeniesiony do służby w armii Wielkiego Księstwa Oldenburga, w której został mianowany dowódcą Brygady Oldenbursko-Hanzeatyckiej w stopniu generała majora (niem. Generalmajor). W 1864 roku zwrócił się do ministra wojny Prus gen. Albrechta von Roona o przywrócenie do służby w wojsku pruskim. W tym samym roku, po otrzymaniu zgody od Ministerstwa Wojny, objął dowództwo nad 7. Dywizją Piechoty z jednoczesnym awansem na generała porucznika (niem. Generalleutnant). Na czele dywizji brał udział w wojnie prusko-austriackiej, w tym w bitwie pod Münchengrätz. Jego jednostka przyczyniła się do zwycięstwa Prusaków w bitwie pod Sadową. Dalsze działania wojenne, w tym próby dotarcia dywizji von Fransecky'ego do Bratysławy, przerwało podpisanie pokoju w Pradze. Po zakończeniu konfliktu pozostał na stanowisku dowódcy 7. Dywizji, ale pełnił również obowiązki doradcy wojskowego przy dworze saskim w Dreźnie.