błotniak stawowy (Circus aeruginosus), zielonka (Zapornia parva), podróżniczek (Luscinia svecica), żuraw (Grus grus), perkoz dwuczuby (Podiceps cristatus), kaczka krzyżówka (Anas platyrhynchos), głowienka (Aythya ferina), bekas kszyk (Gallinago gallinago), mewa śmieszka (Chroicocephalus ridibundus), rybitwa czarna (Chlidonias niger) oraz łyska (Fulica atra), a także gęś zbożowa (Anser fabalis) i gęś białoczelna (A. albifrons), dla których rezerwat stanowi ważne miejsce żerowania w czasie przelotów. Podmokłe łąki na terenie rezerwatu są również miejscem, gdzie swoje lęgi odbywa niezwykle rzadka i narażona na wyginięcie wodniczka (Acrocephalus paludicola). Jezioro Żuwinty stanowiło też punkt wyjścia do odtworzenia litewskiej populacji łabędzia niemego (Cygnus olor).
Innymi gatunkami ptaków wpisanymi do litewskiej czerwonej księgi i występującymi w rezerwacie są m.in. cietrzew (Lyrurus tetrix), rycyk (Limosa limosa), łęczak (Tringa glareola) i krwawodziób (T. totanus), krakwa (Anas strepera), płaskonos (A. clypeata) i rożeniec (A. acuta), perkoz zausznik (Podiceps nigricollis) i perkoz rdzawoszyi (P. grisegena), bąk (Botaurus stellaris), trzmielojad (Pernis apivorus), błotniak łąkowy (Circus pygargus), orlik krzykliwy (Aquila pomarina), kropiatka (Porzana porzana) i zielonka (P.