W latach 1430–1433 klasztor splądrowały wojska husyckie, a problemy wewnętrzne spowodowały konflikt i rozłam wśród zakonników. Kompleks został ponownie zniszczony podczas wojny o sukcesję w Landshut w I dekadzie XVI wieku, odbudował go w 1517 roku opat Andreas. Jego panowanie było okresem nacisków na placówkę ze strony Fryderyka Mądrego, późniejszego elektora Palatynatu Reńskiego, który po śmierci Andreasa w 1524 obległ klasztor i przejął administrację nad nim. W następnym roku zniesiono dziesięcinę wobec chłopów i umożliwiono im bezpłatne pozyskiwanie drewna z lasów należących do opactwa. W 1556 książę Otto Henryk wprowadził luteranizm w Palatynacie i rozwiązał klasztor. Kompleks zaczął popadać w ruinę, a w 1576 został zniszczony przez pożar.
W 1628 klasztor przyłączono do Bawarii podczas wojny trzydziestoletniej. W 1651 Martin Dallmayr, opat klasztoru cystersów Fürstenfeld, uzyskał zgodę na ponowne zasiedlenie placówki, a w 1669 mianowano przeora. W 1681 rozpoczęto rozbiórkę starych zabudowań i budowę nowego, barokowego kompleksu. W 1685 wmurowano kamień węgielny pod budowę kościoła, jego projekt sporządzili Carl Lugano i . W 1690 klasztorowi przywrócono godność opactwa.