W latach 1841–1843 budowa więzienia została ukończona, a 15 czerwca 1844 r. budynek został poświęcony i oficjalnie oddany do użytku publicznego. Już wtedy stanowił dla mieszkańców symbol powstań i ucisku politycznego. W 1846 r. więziono tu Pantaleona Potockiego, przywódcę nieudanej próby wywołania powstania w Siedlcach.
Powstanie styczniowe było kolejnym etapem walki narodowowyzwoleńczej i związanych z nią represji władz okupacyjnych. Pierwsi powstańcy znaleźli się w więzieniu 23 stycznia 1863 r., po nieudanym ataku na magazyny broni i zaopatrzenia 19 Kostromskiego Pułku Piechoty, stacjonującego w Stoku Lackim. W zakładzie karnym wylądowali Władysław Rawicz oraz Władysław Czarkowski, straceni w tym samym roku.
Z dniem 1 lipca 1876 r. zamknięto gmach sądowy, a w marcu 1880 r. otworzono w tym miejscu lazaret, oddział etapowy (этапное отделение) oraz oddział kobiecy (женская тюрьма). 1 lipca 1884 r. oddano do użytkowania oczekiwany od dawna dom administracyjny. W okresie wzmożonej walki władzy carskiej z unitami podlaskimi, więzienie głównie zapełniało się bojownikami o polskość i własną wiarę. mały|Budynek więzienia przed 1914 W latach rewolucji 1905–1907 do więzienia byli wysyłani aresztanci polityczni, zwłaszcza rewolucjoniści. Wśród nich byli Feliks Dzierżyński oraz Antoni Anusz.