Wkrótce po święceniach o. Rusnak został aresztowany i osadzony w obozie koncentracyjnym (1950) wraz z innymi słowackimi księżmi katolickimi obrządku bizantyjskiego i łacińskiego, którzy odmówili współpracy z reżimem komunistycznym w Czechosłowacji (Akcja K). Czternaście miesięcy później udało mu się uwolnić (1951).
Będąc obywatelem amerykańskim z urodzenia, uzyskał paszport w i opuścił ČSR. Po krótkim okresie rekonwalescencji w USA w 1951 r. przeniósł się do Kanady. Następnie, w latach 1952–1964, pełnił posługę proboszcza w słowackiej parafii Narodzenia Najświętszej Marii Panny w Toronto. Ks. Michael Rusnak był jednym z pierwszych słowackich księży, którzy porzucili ojczyznę z powodu prześladowań religijnych ze strony komunistów i położyli podwaliny pod Kościół katolicki obrządku bizantyjsko-słowackiego w Kanadzie.