W 1292 roku Chwaliszów wraz ze Starymi Bogaczowicami przekazany został konwentowi cysterskiemu w Krzeszowie, które to nadanie potwierdzone było w dokumentach księcia Bolka I również w latach 1293 i w 1299 Bolko I pozostawił sobie jednak prawo książęce do wsi. Po 1300 roku posiadłości we wsiach były przez cystersów rozszerzane.
W 1547 roku opat krzeszowski Johann V zastawił Stare i Nowe Bogaczowice oraz Chwaliszów radcy cesarskiemu Hansowi von Schaffgotsch; w 1571 roku opat Krzeszowa Christoph Scholtz odkupił te miejscowości od Hansa Schaffgotscha – miejscowość stała się ponownie własnością klasztorną. W okresie wojny siedmioletniej 2-krotnie zakładane były w miejscowości kwatery polowe wojsk pruskich. Poprzez przynależność do dóbr klasztoru krzeszowskiego historia wsi jest zbieżna z historią konwentu oraz innych okolicznych posiadłości cysterskich. Chwaliszów zawsze należał do parafii w Starych Bogaczowicach. Po sekularyzacji dóbr klasztornych w 1810 roku włość cysterska (1180 ha gruntów) przeszła na własność skarbu państwa. W Chwaliszowie, podobnie jak w okolicznych miejscowościach rozwijało się tkactwo lnu.