W 1510 Chwałkowo było wsią z licznymi dziedzicami. Jan Chwałkowski miał w miejscowości 10 łanów osiadłych i 4,5 łana opuszczonego, w której to liczbie łanów opustoszałych były też 2,5 łana należące do sołectwa. Z tych łanów opuszczonych uprawiał on jeden łan sołecki i 2 łany opustoszałe własne, a nadto miał połowę folwarku i dwa młyny doroczne. Piotr Chwałkowski posiadał 3 łany opustoszałe, które sam uprawiał i nie miał żadnych łanów osiadłych. Marcin Chwałkowski miał 2 łany opustoszałe, które sam uprawiał. Stanisław Malewski miał jeden łan osiadły i 4 łany opustoszałe, które uprawiał z wyjątkiem jednego półłanka. Mikołaj Łaszczyński miał dwa łany osiadłe i 4 łany opustoszałe, które leżały nieuprawne oraz miał połowę folwarku. Benedykt Chwałkowski miał 5 łanów osiadłych i 3 łany opustoszałe, które sam uprawiał. Bartłomiej Kołacki z pobliskiej wsi Kołacin miał jeden łan opuszczony, który kmiecie uprawiali w zamian za czynsz. Odnotowano, że połowa wsi nazywała się Chwałkowo, a druga połowa nazywała się Jeziorko.
W miejscowości był przystanek kolejowy Chwałkowo Kościelne.
W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa poznańskiego.