W 1916 roku rząd Venustiano Carranzy podarował Salwadorowi stację radiową. W ramach wzajemności prezydent Salwadoru Carlos Meléndez wysłał pięć tysięcy karabinów i małą grupę mężczyzn, zgodnie z prośbą rządu Meksyku, aby dołączyli do sił konstytucyjnych i walczyli z siłami Victoriano Huerty w czasie rewolucji meksykańskiej. W 1917 roku rząd Meksyku podarował dwupłatowiec Politechnice w Salwadorze, a rząd Salwadoru przekazał Meksykowi ziemię pod budowę meksykańskiej poselstwa w stolicy San Salvador. W tym samym roku oba państwa otworzyły misje dyplomatyczne w stolicach, a w 1943 roku ich misje dyplomatyczne zostały podniesione do rangi ambasad.
Od 1979 do 1992 roku Salwador był pogrążony w krwawej wojnie domowej. Podczas wojny kilka tysięcy obywateli Salwadoru uciekło z kraju do Meksyku, spośród których część pozostała w kraju, podczas gdy inni kontynuowali podróż do Stanów Zjednoczonych. W 1992 roku rząd Salwadoru i rebeliancki Front Wyzwolenia Narodowego im. Farabunda Martíego (FMLN) podpisały porozumienie pokojowe w mieście Meksyk, znane jako , kończąc w ten sposób wojnę domową.