Przystąpił do Powstania styczniowego w randze majora kawalerii pod pseudonimem „Zaborowski”. Wykorzystując swoją wiedzę wojskową przygotował oddział składający się z 300 ochotników zwerbowanych przez naczelnika województwa krakowskiego, Zygmunta Chmieleńskiego, ćwicząc ich na łąkach nad Dunajcem w Miechowicach Małych niedaleko granicy Królestwa Polskiego. Oddział wszedł do zgrupowania Józefa Oxińskiego. Walczył w bitwie w Przedborzu 25 czerwca 1863, gdzie koncentrował się na rejonie Rynku i wzgórza za kościołem. Po następnej bitwie w Trzepnicy oddziały zostały rozwiązane. Major „Zaborowski” opisał bitwę w Przedborzu i zilustrował jej przebieg szkicem sytuacyjnym w korespondencji do krakowskiego dziennika „Czas”. lewo|mały|170x170px|Przysięga złożona przez Antoniego Pacynę podczas nadania mu obywatelstwa St. Zjedn. Początkowo życzliwy stosunek władz austriackich do Powstania i powstańców ulegał stopniowo pogorszeniu. Ponieważ Antoni Pacyna chciał uniknąć aresztowania po powrocie do Galicji, zdecydował się na wyjazd do Stanów Zjednoczonych. Stany Zjednoczone były od 1861 ogarnięte wojną secesyjną pomiędzy Unią a Konfederacją. 19 kwietnia 1864 zaciągnął się, jako ochotnik w stopniu szeregowego, do trzyletniej służby w wojsku Unii. Służył w . 19 sierpnia 1894 został promowany na kaprala.