Pary utworzono według klucza: para 1: 4–13; para 2: 5–12; para 3: 6–11; para 4: 7–10; para 5: 8–9.
Gospodarzem meczu była drużyna wyżej sklasyfikowana w fazie zasadniczej.
W ćwierćfinałach do rozgrywek dołączyły pozostałe zespoły z I ligi. Ćwierćfinałowe i półfinałowe pary wyłoniono w drodze losowania. Losowanie ćwierćfinałów odbyło się 14 lutego. Drużyny podzielono na dwa koszyki. W pierwszym znalazły się cztery najwyżej sklasyfikowane zespoły w fazie zasadniczej, w drugim – pozostałe drużyny. Gospodarzem meczu był zespół z pierwszego koszyka. Losowanie półfinałów przeprowadzono 7 marca.
Turniej finałowy rozegrano w miejscu wybranym przez organizatora rozgrywek w drodze konkursu. Zwycięzca finału zdobył Puchar Macedonii Północnej.
Tabela fazy zasadniczej I ligi
Drużyny uczestniczące W Pucharze Macedonii Północnej 2025 wzięło udział 13 drużyn grających w I lidze.