W kolejnych latach z powodu problemów finansowych klub ograniczył działalność, likwidując sekcje lekkoatletyki i boksu. Jednocześnie do krajowej czołówki należeli żeglarze Kolejarza – m.in. Stanisław Tryba, Józef Lewiński i Roman Kiedrowicz. W latach 60. sekcja turystyczna klubu organizowała ogólnopolskie rajdy "3 x K" (Kaszuby - Kociewie - Kolejarze).
W roku 1971 decyzją lokalnych władz partyjnych połączono klub Kolejarz Chojnice z Chojniczanką. Wciąż funkcjonowała jedynie sekcja szachowa klubu.
W 1988 roku klub został reaktywowany. Z chwilą reaktywacji działalność wznowiły sekcje piłkarska, kulturystyczna i biegowa, w 1993 w ramach klubu zaczęła natomiast funkcjonować sekcja morsów. W latach 90. przeprowadzony został generalny remont stadionu przy ul. Lichnowskiej w Chojnicach, w ramach którego zbudowano trybuny, świetlicę i boisko treningowe. Od 1995 roku w strukturach klubu funkcjonuje klub "Szansa", zrzeszający dzieci i młodzież z niepełnosprawnościami.
Od 1995 roku w strukturach klubu funkcjonuje sekcja biegowa "Florian", która co roku organizuje w Chojnicach m.in. Ogólnopolskie Biegi Strażackie na dystansie 10 km oraz bieg noworoczny ze stadionu przy ul. Lichnowskiej na Stary Rynek.