Historia Badania archeologiczne wykazały, że obszar ten zamieszkany był już ponad 5 tys. lat temu. Pierwsze pisane wzmianki o Nankinie pochodzą z Epoki Walczących Królestw (453–221 r. p.n.e.), kiedy był to strategiczny region konfliktu. Za czasów dynastii Qin (221–207 r. p.n.e.) miasto rozwinęło się w ważny ośrodek administracyjny, gospodarczy i kulturowy. Później kilkakrotnie było stolicą Chin i zmieniało nazwy: Jiànyè (), Jiànkāng (), Jīnlíng (). Zniszczone w VI wieku, znów doświadczyło dobrobytu w czasach panowania dynastii Tang (618–907). Za panowania dynastii Song (960–1279) była to twierdza broniąca Chin przed najazdem Mongołów. Na początku rządów dynastii Ming i jej pierwszego władcy Zhu Yuanzhanga (Hongwu) miasto zostało po raz kolejny stolicą kraju. Nazwę Nankin w 1421 roku nadał miastu syn Zhu Yuanzhanga, Yongle, ale przeniósł on stolicę do Pekinu.
W XVI wieku Nankin był największym miastem na świecie, z populacją prawie 700 tysięcy mieszkańców.