Kariera Po ukończeniu szkoły średniej został przyjęty do Narodowej Akademii Obrony. Mówiąc o swoich wyborach zawodowych, twierdził, że początkowo chciał dołączyć do Indyjskiej Marynarki Wojennej, ale zamiast tego został powołany do Indyjskich Sił Powietrznych. Podczas selekcji powiedziano mu, że jego wzrok nie jest wystarczająco dobry dla służby w marynarce, podczas gdy siły powietrzne cierpiały wówczas na niedobór personelu.
Po ukończeniu Narodowej Akademii Obrony w 1963 roku Malhotra otrzymał stopień oficerski i został przydzielony do jednostki Vampire Squadron of the Indian Air Force, latając na samolotach de Havilland Vampire. Został wysłany do bazy Indyjskich Sił Powietrznych w Barrackpore w pobliżu Kalkuty. Stopniowo przechodził do latania innymi, bardziej zaawansowanymi samolotami, w tym Dassault Mystère, HAL HF-24 Marut i radzieckim Suchoj Su-22.
Był żołnierzem IAF Fighter Squadron, który miał za zadanie przeprowadzać naloty na Pakistan w 1971 roku, po tym jak kraj ten rozpoczął ataki na Indie poprzedzające wojnę o niepodległość Bangladeszu. Latał na Suchoj Su-22 w ponad 17 lotach w pakistańskiej przestrzeni powietrznej.