Gdy Józef Szeptycki rozwiódł się ze swoją żoną Amelią, to jego żona wyszła za mąż za Gródeckiego. W 1857 roku Józef Szeptycki zmarł bezpotomnie, wtedy wieś otrzymały w spadku dzieci jego brata Piotra: małoletni Jan i Michalina, nad którymi opiekę sprawowała ich matka Róża Szeptycka. Dobra Ciotusza były zadłużone, dlatego w czerwcu 1858 roku decyzją rady familijnej zostały sprzedane za 249 000 zł Konstantemu Sznukowi. W 1860 r. wykupił on prawa do dóbr od Amelii Lipskiej. Konstanty Sznuk wybudował w Ciotuszy nowy dwór i prawdopodobnie częściowo zmodernizował zabudowania gospodarcze. Po jego śmierci dobra otrzymała w spadku żona Maria i dzieci: Konstantyn Andrzej, Tadeusz Karol i Felicja Jadwiga. Ta ostatnia wyszła za mąż za Józefa Boguckiego i zapewne wykupiła udziały pozostałych, bowiem na początku XX wieku była jedyną właścicielką. W 1880 roku wybudowano w Ciotuszy Nowej drewniany młyn wodny „Zuby”. Następny drewniany młyn wodny zbudowano we wsi w 1928 rokuJ. Niedźwiedź, Leksykon historyczny miejscowości dawnego województwa zamojskiego, s. 79..
11 listopada 1863 roku oddział Karola Świdzińskiego natknął się pod Ciotuszą na 2 roty piechoty rosyjskiej i stoczył z nimi potyczkę. W jej wyniku zginęło 7 powstańców, 9 dostało się do niewoli a 40 innych uszło za kordon.