Od lat 80. Alves zajął się również psychoanalizą i został członkiem São Paulo Society of Psychoanalysis. W swojej pracy łączył refleksję psychologiczną z zagadnieniami edukacyjnymi i teologicznymi. W książkach takich jak Ao professor, com carinho czy Conversas sobre a educação podkreślał rolę emocji, pasji i sztuki w procesie nauczania.
Teologia wyzwolenia Rubem Alves był jednym z prekursorów teologii wyzwolenia – nurtu, który odczytuje chrześcijaństwo przez pryzmat doświadczeń ludzi ubogich, wykluczonych i uciskanych. Jego podejście do teologii miało silne podstawy filozoficzne i społeczno-polityczne. W jego pracach widoczne są wpływy m.in. Karola Marksa, Frantza Fanona, Friedricha Nietzschego oraz Paulo Freirego, z którym współpracował. Alves traktował religię jako narzędzie nadziei, krytyki społecznej i duchowego wyzwolenia.
Jego prace teologiczne, takie jak O que é a religião? oraz Variações sobre a vida e a morte, odegrały istotną rolę w rozwoju tego nurtu, wpływając m.in.