Gdy w 1896 wybuchła rewolucja filipińska skierowana przeciwko kolonialnemu panowaniu Hiszpanii na archipelagu, Aquino była już sędziwą, osiemdziesięcioczteroletnią kobietą. Nie przeszkodziło jej to jednak we wspieraniu walczących o niepodległość kraju rodaków. Wraz z jednym ze swoich synów znalazła się wśród naocznych świadków pierwszego symbolicznego aktu rewolucji, który w filipińskiej historiografii zapisał się jako unang sigaw (pierwszy okrzyk). Uczyniła, tak ze swego domu, jak i z niewielkiego sklepu, którego była właścicielką, miejsca schronienia dla rannych czy chorych członków Katipunanu, organizacji stojącej za rewolucją. Cieszyła się znacznym zaufaniem rodaków, a w jej domu niekiedy odbywały się tajne spotkania tej właśnie grupy. Znana była również z gromadzenia niezbędnych rewolucjonistom leków czy odzieży.
Za aktywność niepodległościową została zesłana przez Hiszpanów na Mariany. Do kraju powróciła dopiero w 1903. Zmarła 2 marca 1919. Pochowana została na dziedzińcu własnego domostwa. W późniejszym okresie miejsce to przekształcono w park pamięci. Jej zwłoki ostatecznie przeniesiono do mauzoleum w Quezon City.