Według jednego ze źródeł wyjechała do Stanów Zjednoczonych, aby sprzedawać obrazy męża, wróciła będąc w ciąży, której mąż nie uznał . W latach 90. XIX wieku pozostawała z mężem w separacji, okoliczności temu towarzyszące są mało poznane, Chełmońscy rozeszli się we wrześniu 1890 roku. Józef Chełmoński nie uznał ojcostwa najmłodszej córki Wandy (ur. 13 stycznia 1891 roku) i sam wychowywał pozostałe trzy córki, bo zabronił i uniemożliwił Marii kontakt z nimi: Marię, Zofię i Jadwigę w Kuklówce . Po rozstaniu Maria wyjechała do Warszawy, gdzie zamieszkała u swego brata. Zajmowała się krytyką artystyczną, publikowała m.in. w „Kurierze Niedzielnym”, którego była redaktorką naczelną. Pracowała także w redakcji „Bluszczu”. Założyła własne wydawnictwo; w 1901 roku wydała Album biograficzne Zasłużonych Polaków i Polek w XIX wieku.
Podczas II wojny światowej została wysiedlona z Poznania przez Niemców i wyjechała z córką Wandą i wnuczką Krystyną do dworu Łempickich w Gierczycach. Pochowano ją w kaplicy grobowej Łempickich na cmentarzu w Gierczycach, o jej pochówku wspomina tablica pamiątkowa na figurze z rzeźbą anioła na tymże cmentarzu (miejsce jej pochówku było przez wiele lat znane tylko najbliższej rodzinie).