Podobnie jak w symulacjach immersyjnych poziomy oferują alternatywne trasy prowadzące do celów. Niektóre poziomy, takie jak Watykan, Giza i Sukhothai, mają charakter otwartych obszarów typu sandbox, które gracz może swobodnie eksplorować. Oprócz głównego zadania gracz może napotkać niegrywalne postacie oferujące misje poboczne powiązane fabularnie oraz odkrywać przedmioty kolekcjonerskie, takie jak starożytne relikwie i butelki z lekarstwami. Podczas eksploracji można także zbierać podręczniki zapewniające trwałe wzmocnienia: poprawiają wydajność i trwałość broni, zwiększają umiejętności bojowe Jonesa oraz podnoszą jego zdrowie i wytrzymałość. Korzyści te należy odblokować punktami przygody, zdobywanymi m.in. przez fotografowanie interesujących obiektów, otwieranie sejfów i skrzyń oraz zbieranie reliktów i notatek. Gracz może również natrafić na różne łamigłówki, z których wiele jest opcjonalnych. Wielokrotne fotografowanie zagadki aparatem Jonesa zapewnia dodatkowe wskazówki dotyczące jej rozwiązania.