Ponadto wysłano listy do rządów Japonii i Chin w celu uzyskania oficjalnego uznania istnienia strefy. Pomimo tego że Chińczycy zaakceptowali wytyczenie Strefy Bezpieczeństwa i przekazali faktyczną jurysdykcję nad terytorium Komitetowi, Japończycy utrzymywali nieokreśloną postawę pomiędzy ignorowaniem a nieuznawaniem istnienia Strefy Bezpieczeństwa.
Strefa Bezpieczeństwa uległa szybkiemu przeludnieniu w wyniku ciągłego napływu uchodźców, którzy przejęli odpowiedzialność za administrację miejską niektórych obszarów Nankinu po wycofaniu się Rządu Narodowego. Choć do pewnego stopnia gwarantowało to podstawowe potrzeby życiowe uchodźcom w Strefie Bezpieczeństwa, nie chroniło ich całkowicie przed masakrą. Od 14 grudnia 1937 roku armia japońska ignorowała istnienie Strefy Bezpieczeństwa i pod pretekstem poszukiwania zbiegłych chińskich żołnierzy rozpoczęła serię podpaleń, grabieży i gwałtów na kobietach również w jej granicach. Po upadku Nankinu armia japońska zabiła również część uchodźców w schronach na terenie strefy. Międzynarodowy Komitet ds. Strefy Bezpieczeństwa nie dysponował wystarczającymi środkami, aby zapobiec jej rozpadowi.